Francesco và Johanna có bảy người con:

• Eleonora (1 tháng 3, 1566 – 9 tháng 9 năm 1611), kết hôn với Vincenzo I Gonzaga, Công tước xứ Mantua (1582-1612).
• Romola (20 tháng 11, 1568 – 2 tháng 12, 1568)
• Anna (31 tháng 12, 1569 – 19 tháng 2, 1584)
• Isabella (30 tháng 9, 1571 – 8 tháng 8, 1572)
• Lucrezia (7 tháng 11, 1572 – 14 tháng 8, 1574)
• Marie (1573 – 1642), người sau này trở thành Hoàng hậu của Pháp qua việc kết hôn với Henri IV vào năm 1600.
• Filippo (20 tháng 5, 1577 – 29 tháng 3, 1582)